今度、父親の土地に父親との共有名義で二世帯住宅を建てることになりました。現在、内廊下等などで行き来をできるものにするのか、どうかで迷っています。土地の相続時に内廊下等で行き来できないと困ることがあるとお聞きしたのですが。

今まではそうでしたが、平成26年1月から、内廊下等で行き来できない場合であっても
建物が共有名義であれば、お父様の土地全体に小規模宅地の評価減特例が
適用されるようになっています。
小規模宅地の評価減特例とは、被相続人（亡くなられた方）が実際に住んでいた自宅の敷地を
配偶者や同居の子どもが相続する場合に240㎡までの部分については、相続税評価額を80％減額
してくれるという制度です。(平成27年1月1日以降は330㎡まで適用されます）
この制度ですが、配偶者が受け継ぐ場合は、要件なしに適用とされますが、お子様が受け継ぐ場合は、
同居していたことが要件になっております。
お聞きになった件は、以前は、二世帯住宅であっても内廊下等で行き来できなければ
同居として扱われず、小規模宅地の評価減特例が適用されなかったことが原因だと思われます。

今回の場合の具体例を挙げますと、こうなります。

二世帯住宅（一棟の建物を共有登記している。）

この場合に、お父様が亡くなられますと、小規模宅地の評価減の特例が適用され、
質問者様がお父様の土地を相続されるときに、相続税の計算上、
100,000,000-(100,000,000円×80％)＝20,000,000円
と、一億円の土地を2,000万円の評価で財産として計算することができます。
なお、注で付け加えておりますが、建物を共有登記していることが大事な条件になりますので
ご注意ください。