当社は、税抜き経理を採用しているのですが、課税売上割合が80%を下回ったため、多額の控除できない消費税額が発生しております。これは、どう経理すればよろしいでしょうか?

その控除できない消費税額が資産に係るものか、資産以外であれば交際費等の損金不算入額に係るものであれば、
一定の処理が必要になります。

資産に関しては次の場合には、法人税法上であれば損金算入、所得税法上であれば必要経費に算入します。

イ その事業年度又は年分の課税売上割合が80%以上であること。

ロ 棚卸資産に係る控除対象外消費税額等であること。

ハ 一の資産に係る控除対象外消費税額等が20万円未満であること。

これに該当するものは、雑損失などの科目で全額をその年度の損金に算入いたしますが、
これに該当しないものは、その消費税額を繰延消費税額等として資産計上し、発生年度は
12/60×1/2、それ以降、五年で損金算入します。

例)
A法人(3月決算法人)
課税売上高  30,000,000円
非課税売上高 20,000,000円

課税売上割合 30,000,000円÷(30,000,000円+20,000,000円)=60%

資産購入 その年度に購入した資産
社用車(営業用だけに使用されないもの) 3,240,000円(内、消費税240,000円)を5台購入

控除対象外消費税額の計算
240,000円×5台×(1-0.6)=480,000円

資産を購入した年の損金算入額(1年目)
480,000円×12/60×1/2=48,000円

翌年度以降の損金算入額(2~5年目)
480,000円×12/60=96,000円

6年目の損金算入額
48,000円