今度、会社の支店を設置しようと思うのですが、社会保険の手続きは支店ごとにするのですか？

原則は支店ごとの手続きになります。
ですが、独立した事業所と判断されなければ、特に支店の設置等の手続きをすることなく、
本店で集中して手続きをすることが可能です。
独立した事業所になる判断の基準は、人事管理機能の有無になります。
採用、勤怠、給与計算等が、支店で独立的に行なわれているかどうかです。

ただし、独立した一事業所とみなされるような場合でも、厚生労働大臣の承認を受ける
ことにより、本社等で一括して手適用することが可能です。